Основными целями Департамента являются: эффективное недропользование и конкурентоспособный нефтегазодобывающий комплекс (включая магистральные нефтегазопроводы).

Основными задачами Департамента являются:

1) обеспечение рационального использования минерально-сырьевых ресурсов (нефти, газа, газового конденсата, твердых и общераспространенных полезных ископаемых, пресных и минеральных подземных вод);

2) стимулирование воспроизводства минерально-сырьевых ресурсов;

3) повышение конкурентоспособности и инновационной активности организаций нефтегазодобывающего комплекса Томской области;

4) развитие магистральной транспортировки нефти и газа.